پدرش میرزا حسن طبیب کرمانی بود که مانند نیاکانش به طبابت اشتغال داشت. نیاکان او، اعضای خاندان نفیسی‌های کرمان از چند قرن قبل در این شهر به علم طب اشتغال داشته‌اند و نسب آن‌ها به حکیم برهان‌الدین نفیس بن عوض بن حکیم کرمانی از معروف‌ترین پزشکان قرن نهم هجری و پزشک دربار الغ بیک بن شاهرخ بن تیمور گورکانی می‌رسیده‌است.

دکتر میرزا علی‌اکبرخان نفیسی در آخرین سال بروز وبا در تهران یعنی به سال ۱۳۲۳ نیز خدمات شایانی برای کنترل وبا انجام داده و  یکی از شاگردان خود به نام میرزا اسدالله جلیل‌الاطباء را تشویق به نگارش رساله ای در باب شرایط حفظ صحت و احتراز از سرایت امراض مسریه و مداوای وبا نمود. 

وی پس ار فارغ التحصیل شدن از دارالفنون و اندکی پس از آن که ناصرالدین شاه پس از بازگشت از سفر اول فرنگ و تصمیم وی به تاسیس بیمارستان مطابق مشاهدات خود در فرنگ، به دستور ناصرالدین شاه مسئول تاسیس بیمارستان شد و بدین ترتیب وی نخستین بیمارستان مدرن در ایران را تاسیس کرد و خود وی نیز به ریاست بیمارستان که همان مریض خانه دولتی بود، برگزیده شد. این بیمارستان، امروز به نام بیمارستان سینا نامیده می‌شود.

در سال ۱۲۵۴  خورشیدی در تاسیس مجلس «حفظ الصحه» (معادل نظام پزشکی امروز) که در تهران تشکیل شد، ایفای تقش نمود و در همین برهه از زمان نیز میرزاعلی اکبرخان نفیسی  به تاسیس و مرمت دارالشفای آستان مقدس امام رضا ع که جز اسم چیزی از آن باقی نمانده بود، پرداخت. او کار بازسازی و مرمت را با توجه به اصول بیمارستان های جدید اروپایی سر و سامان داد و بدین ترتیب دومین بیمارستان به شیوه مدرن زیر نظر ناظم الاطباء در مشهد تاسیس شد. میرزاعلی اکبرخان نفیسی به خاطر خدماتی که در این سفر به عهده داشت از طرف دولت به منصب و نشان و حمایل سرتیپی نایل آمد. وی در مورد بیماری دیفتری که گلو درد فاقد معالجه در آن روزگار بود و در برخی از شهرها شایع شده بود، با توجه به تحصیلات و تجارب خود در پاریس و داروهایی که از پاریس به تهران آورده بود، اقدامات موثری انجام داد و بیماران مبتلا به دیفتری را درمان کرد.

همچنین ناظم الاطباء به همراه دیگران انجمنی به نام انجمن تاسیس مکاتب ملی ایران تشکیل دادند که بعدها با نام انجمن معارف مشهور شد. وی کتابخانه عمومی، به نام کتابخانه ملی مرکزی ایران در تهران را تاسیس کرد و در ۱۲۸۵ شمسی ناظم الاطبا یکی از افراد بسیار موثری بود که مظفرالدین شاه را برای صادر کردن فرمان مشروطیت تشویق کرد.

دکتر علی‌اصغر نفیسی نخستین وزیر بهداشت ایران و  همچنین دکتر سعید نفیسی، پژوهشگر ادبیات فارسی، تاریخ‌نگار، نویسنده، مترجم و شاعر و جزو نسل اول اساتید دانشکده حقوق و دانشکده ادبیات دانشگاه تهران از فرزندان دکتر علی اکبر خان نفیسی بودند.

آثار علمی ناظم الاطباء
وی گذشته از آن که مدت پنجاه و هفت سال تمام، شب و روز به مداوای بیماران اشتغال داشت و حتی این وظیفه را تا پایان عمر خویش که ناتوان شده بود، ادامه داد و هرگاه فراغتی حاصل می‌کرد، به تألیف و ترجمه می‌پرداخت. از جمله آثار او می‌توان به موارد زیر اشاره کرد:
•    کتابی در علم تشریح (این کتاب که نخستین کتاب «ناظم‌الاطبا» و نخستین ترجمه او از زبان فرانسه می‌باشد، بنا به یادداشت صفحه نخست آن در شب ۲۴ ربیع‌الاول سال ۱۳۰۵ ه‍.ق در قریه شاه رضا از قرای قمشه و هنگام توقف او در اصفهان به پایان رسیده و سایر تألیفات و ترجمه‌های او، همگی بعد از این تاریخ تدوین شده‌اند.
•    کتابی در پاتولوژی و کلینیک جراحی
•    رساله‌ای در فیزیک
•    رساله‌ای در جراحی
•    رساله‌ای در تراپوتیک
•    رساله‌ای دیگر در تشریح
•    دو رساله در سوء هضم
•    مذاکرات (کتابی بنا بر روش کتاب  aide-memoire، اثر «کورلیو» طبیب فرانسوی، که ناظم‌الاطبا این کتاب را در سال ۱۳۰۷ ه‍.ق به پایان رسانیده‌است.
•    پزشکی‌نامه (کتاب بسیار بزرگی است در ۹۵۷ صحیفه به قطع رحلی بزرگ، در علم تراپوتیک و ماتیرمدیکال که تألیف آن در ماه رمضان ۱۳۱۴ ه‍.ق به پایان رسیده‌است و برای مدت‌ها کتاب مورد استفادهٔ پزشکان و داروسازان ایرانی در اواخر عهد قاجار و اوایل عصر پهلوی بوده‌است)
•    نامه زبان‌آموز (صرف و نحو زبان فارسی)
•    رساله در آخرین دوره بروز وبا (ناظم‌الاطبا این رساله را در آخرین سال بروز وبا یعنی به سال ۱۳۲۳ ه‍.ق نوشته و در همان زمان این رساله چاپ شده‌است، اما در عنوان آن برای ترویج و تشویق یکی از شاگردان خود، چنین نوشته‌است: «مختصر رساله ایست در شرایط حفظ صحت و احتراز از سرایت امراض مسریه و مداوای وبا که بر حسب دستورالعمل این بنده درگاه، «علی‌اکبر طبیب»، جناب میرزا اسدالله جلیل‌الاطباء نوشته‌اند.»
•    شاخص‌ترین اثر وی در زمینه علوم غیرپزشکی، کتاب بزرگ فرهنگ نفیسی معروف به فرهنگ ناظم‌الاطبا می‌باشد که شامل چهار جلد بزرگ است. ناظم‌الاطبا برای گردآوری این فرهنگ بیش از ۲۵ سال رنج برد و فرهنگِ وی که به روزگارِ رضاشاه چاپ و پخش شد تا پیش از فرهنگِ دهخدا جامع‌ترین فرهنگی بود که برای زبانِ پارسی نوشته شده‌است؛ چه این فرهنگ دربردارنده ۱۵۸ هزار و ۴۳۱ واژه است که در این میان، ۵۸ هزار و ۸۷۹ واژه آن نیز یکسره پارسی‌اند. ناظم‌الاطبا دلبستگی‌ای شگفت به پیشبردِ این کار داشت. برای اینکه نمونه‌ای از شور و دلبستگی وی بدین فرهنگ به‌دست باشد، همین بس است که چون دست به کارِ نوشتن این فرهنگ زد، از آنجا که برخی از سرچشمه‌های کارِ وی فرهنگ های پارسی به انگلیسی بود، خود را به دانستنِ زبانِ انگلیسی نیازمند دید، و در ۵۵ سالگی به آموختنِ این زبان پرداخت، و آنگاه که ازبس، در پیِ این کار، شب و روز نشسته و نجنبیده بود، در ران های وی قانقاریا طاهر شد.